一年戦争が終結して七ヶ月後の地球。
ジオン公国軍の残党組織は、共和国とされた本国を公国として復権するための戦いを続けていた。
戦争末期にサンダーボルト宙域でムーア同胞団の艦隊を全滅させた驚異のモビルスーツ、サイコ・ザクのパイロットだったダリルは、サイコ・ザクを失ったあと地球に降り、連邦内部の軍閥である南洋同盟を探る諜報任務に就いていた。
一方、ダリルと死闘を繰り広げたイオは、試作モビルスーツ、アトラスガンダムのパイロットに抜擢され地球に向かう。その新たな戦場は、コロニー落としの爪痕が残るオーストラリア大陸を抱く南洋だった……。
イオ・フレミング
地球連邦軍所属。階級は少尉。アトラスガンダムの専任パイロットとして、スパルタンに着任した。一年戦争の末期、フルアーマー・ガンダムに乗り、サイコ・ザクと死闘を繰り広げた。サンダーボルト宙域でリビング・デッド師団と戦ったムーア同胞団の生き残り。スパルタンには、ある極秘作戦参加のため招集された。前ムーア首長の息子。
ビアンカ・カーライル
地球連邦軍所属。階級は少尉。スパルタンに配備されたガンキャノン・アクアの女性パイロット。一年戦争時から数多の戦果を上げた歴戦の戦士。音楽の趣味でイオと意気投合してセッションを持ちかける。なお、入隊前の職業はプロのミュージシャン。
ビンセント・パイク
地球連邦軍所属。階級は大佐。モニカ・ハンフリー参謀が指揮する極秘作戦に就いた強襲揚陸艦スパルタンの艦長。人に頭を下げるのが嫌いな性格だが、礼儀は重んじる。
ダリル・ローレンツ
ジオン公国軍所属。階級は少尉。アッガイのパイロット。MS小隊の隊長を務める。傷痍軍人で構成されたリビング・デッド師団の生き残り。一年戦争末期、サイコ・ザクに搭乗するため右腕を切断し、四肢すべてが義手義足となってしまった。その後、地球に降り、ジオン公国軍（連邦からみれば残党軍）の一員として南洋同盟に対して諜報活動を行っている。
ビリー・ヒッカム
ジオン公国軍所属。階級は少尉。アッガイのパイロット。
一年戦争時にニュータイプの素養を見出され、ニュータイプ専用モビルスーツに搭乗して戦場に出た。
アトラスガンダム
型式番号 RX-78AL （パイロット：イオ・フレミング）
地球連邦軍の強襲揚陸艦スパルタンのMS部隊へ配備された試作モビルスーツ。モニカ・ハンフリー大佐が極秘作戦のために用意した。ムーア同胞団の潤沢な資金を投入して開発され、重力下専用汎用サポート装備のサブレッグ（フライトユニット）や、レールガンなどの専用兵装が付属、実戦でのデータ収集を兼ねて投入された。水中での戦闘も想定しており、水中用モビルスーツの技術を取り入れた球体関節で水中での抵抗を軽減するよう設計されている。
アッガイ
型式番号 MSM-04 （パイロット：ダリル・ローレンツほか）
ジオン公国軍の水陸両用モビルスーツ。ダリル・ローレンツ小隊の主力機。メカニックの好意でダリル機の右胸には特別に角のある髑髏のエンブレムのマーキングが施された。なお、ダリル小隊機は従来のアッガイよりも小さく設計されている。頭部と腕部は、装備が換装可能な仕様になっており、頭部にはセンサーユニット、腕部には火炎放射器や複数の兵装がオプションで用意されている。
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