MS-06A型虽然性能出色，但武器种类的繁复制约了它的大规模量产。出于成本以及核装备的考虑，在基茜莉亚的建议下对A型进行再度的改良，这就是MS-06C 初期量产型扎古Ⅱ。C型的肩部装甲在A型的基础上又进行了改良（钉状肩甲），另外对机体所使用的反应炉和动力传送系统的性能也进行了提高。由于武器上采用了核弹头火箭筒，为了防护放射线，机体还采用了多重空间装甲，大幅增加了机体的重量。U.C.0078年1月，C型正式开始量产，总计生产了236架，在一年战争初期的一周战争、鲁姆会战中大出风头，取得了压倒性的战果。
MS-06A 先行量产型扎古Ⅱ
MS-06C 初期量产型扎古Ⅱ
U.C.0079年1月31日，吉翁公国与联邦政府签订了南极条约。条约明文禁止了核生化兵器的使用，因此去除了核装备、由C型改良而来的MS-06F 扎古Ⅱ就成为吉翁军的主力MS。狭义上所称的“扎古”，就是指MS-06F型。本型在一年战争时期总计生产了3000架以上，是吉翁军各型MS里量产数目最多的，对以后的MS开发也产生了非常深远的影响，夏亚.阿兹纳布尔、强尼.莱汀等王牌均是驾驶本型而成名的。
到了一年战争的中后期，F型的弊病越来越多地显露出来，这时，吉翁军推出了以机体轻量化及提高发电机出力为目的的F型改修机——MS-06F2 扎古Ⅱ后期量产型，并很快地投入到战场上。
从F2型衍生出的机体主要有：MS-06FZ 扎古Ⅱ、MS-18E 斗士和MS-21C德拉杰。后两者不属于扎古范畴，因此只简单介绍一下MS-06FZ。
本机是吉翁军在实施了MS生产改进方案——“统合整备计划”后生产出的MS-06F型的改良型机体。由于MS-06F的部件可以与新型机种通用，因此获得了高水平的生产性与稳定性。FZ型改进了驾驶舱，增强 了助推器，从而获得了比F型更灵活的运动性。但是，不可否认的是，助推器的大型化造成了推进剂消耗量的急剧增加，尽管增加了推进剂的装载总量，但是持续战斗时间还是减少到了原来的一半。驾驶过本机的人中，最为我们所熟悉的不是那些王牌驾驶员，而是在不知对方身份的情况下与恋人搏杀，最后英勇牺牲的巴纳德·瓦兹曼
MS-06F 扎古Ⅱ
MS-06F2 扎古Ⅱ后期量产型
MS-06FZ 扎古Ⅱ改良型
MS-06F 扎古Ⅱ
MS-06F2 扎古Ⅱ后期量产型
MS-06FZ 扎古Ⅱ改良型
