一年戦争末期の戦いで精神と記憶の後退を起こしたカーラ。彼女の回復のため父親役を引き受けるダリルだが、病状はなかなか改善しない。
海底基地を後にしたダリル達は、諜報員との接触を図るためアッガイで出撃。南洋同盟の支配地域でダーレ部隊の迎撃に遭う。
一方、イオとビアンカは前回の戦闘でアトラスガンダムとガンキャノン・アクアを破損。修理のため待機任務を命じられる。2人の乗務するスパルタンはサンダーボルト作戦を続行してインド洋に向かうが、グフとド・ダイからなる南洋同盟国境守備隊に進軍を阻まれる。その守備隊指揮官の声にイオは愕然とするのだった。
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