为了提高MS的泛用性，解决MS-05B型的一些弊端，吉恩军对其进行了再度的改良。U.C.0077年8月，试作机MS-06A 先行量产型扎古Ⅱ诞生了。由于基茜莉亚上校的提议，对MS-06A的肩部装甲等细部进行了改良，发电机出力、各部驱动系统性能也有所提高。
先期量产型扎古MS-06AMS-06A型虽然性能出色，但武器种类的繁复制约了它的大规模量产。出于成本以及核装备的考虑，在基茜莉亚建议下对A型进行再度的改良，这就是MS-06C
初期量产型扎古Ⅱ。C型的肩部装甲在A型的基础上又进行了改良（钉状肩甲），另外对机体所使用的反应炉和动力传送系统的性能也进行了提高。由于武器上采用了核弹头火箭筒，为了防护放射线，机体还采用了多重空间装甲，大幅增加了机体的重量。U.C.0078年1月，C型正式开始量产，总计生产了236架，在一年战争初期的一周战争、鲁姆会战中大出风头，取得了压倒性的战果。
（在此可以说明一年战争秘史第一集中鲁姆会战中出现的不是MS-06F而是MS-06C）
U.C.0079年1月31日，吉恩与联邦签订了南极条约。条约明文禁止了核生化兵器的使用，因此去除了核装备、由C型改良而来的MS-06F
扎古Ⅱ就成为吉恩军的主力MS。狭义上所称的“扎古”，就是指MS-06F型。本型在一年战争时期总计生产了3000架以上，是吉恩军各型MS里量产数目最多的，对以后的MS开发也产生了非常深远的影响，夏亚.阿兹纳布尔、强尼.莱汀等王牌均是驾驶本型而成名的。
扎古Ⅱ就成为吉恩军的主力MS。狭义上所称的“扎古”，就是指MS-06F型。本型在一年战争时期总计生产了3000架以上，是吉恩军各型MS里量产数目最多的，对以后的MS开发也产生了非常深远的影响，夏亚.阿兹纳布尔、强尼.莱汀等王牌均是驾驶本型而成名的。
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