在吉翁实施降下作战后，联邦军在陆地上丢城失地外，海洋上的统治力也大不如前。吉翁的水中用MS也给联邦军造成了巨大的威胁，这不仅代表着沿岸基地被袭击的情况大幅增加，更是会导致海运的补给线断裂成为可能。
▲RAG-79-G1 水中型高达
于是在这种情况下，开发水中用MS自然也是急需解决的课题。在这种大前提下，联邦军使用RGM-79吉姆那高度扩展性的特点在很短的时间里开发出了RAG-79 水中型吉姆。在先行开发出了水中型吉姆后，联邦军还为那些水中型吉姆的王牌机师准备了RAG-79-G1 水中型高达。
水中型高达高18.3米，本体重47.7吨，装备全重58.5吨。为了使用偏向光束步枪，因此发电机出力提升至1330kW。总推力上升至9670千克，传感器半径只有4600米。而装甲材质也没有什么变化，依旧是钛合金陶瓷复合装甲。
▲UC 0096年时，两台杰祖鲁和被其击毁的水中型高达的头部
水中型高达作为一款重新设计的机体，虽然被冠以高达的名字，但也只是有着和高达类似的头部而已。其实机体本身还是以水中型吉姆为基础的改进版本，只是外观和机构有着很大的变化。水中型高达还以推进背包为核心，对原先的基础进行了大幅度的改造。为了提高机动性而装备了大型推进背包，同时还在其中内置鱼雷发射管，在腰部和腿部均设置有水压喷射推进器从而大大提高了在水中的机动性。
头部的形状和RX-79高达相似虽有着墨镜一样的设计，但下方却是实打实的双眼式摄像头。在后脑勺还设置了潜望镜于水上监视。同时在下颚也有着类似动力管的部件，这也说明该机是以水中型吉姆为基础的证明。
胸部和排气口形状和数量均和水中型吉姆不同。而且腰部的装甲也进行了变更，并增设了部件。这被认为是为了解决发电机功率提升而带来了的冷却散热问题。
和水中型吉姆不同的是，水中型高达的肩甲为方形，且肩甲单元更加小型化。这也让架设炸裂式鱼叉枪喝使用光束步枪的情况下更容易移动。而且只有右臂保留了手锚，左臂则是装备了炸裂式鱼叉枪。
▲水中型高达的手锚
在武装上，水中型高达最大的不同便是装备了水中用偏向光束步枪。虽说光束步枪在水中使用时并不会产生水蒸气爆炸，但是高热的MEGA粒子水中也会迅速逸散而导致威力射程大大降低。即使是RX-78-2的光束步枪在水中也需要数秒的持续照射才能摧毁MAM-07 格拉布罗的爪钳，而RGM-79 吉姆所使用的光束喷枪在水中基本上就是威力尽失。因此水中型高达装备的这款光束步枪增强了收束能力以减小光束在水中的逸散，使得在水中的威力大大提高。这也导致射出的光束看起来更细。另外为了减少水中移动时产生的阻力，因此还准备了外套的枪套。
而炸裂式鱼叉枪则是射出鱼叉状弹头的武器，鱼叉弹头会在穿透目标装甲后爆炸，从而从内部破坏目标。
▲水中型高达的炸裂式鱼叉枪
同样的，作为一款水中型机体，鱼雷也不会缺席。水中型高达同样将鱼雷发射管作为固定武装。不过位置也从水中型吉姆的肩部换成了推进背包。对于一些有着厚重装甲的吉翁水中战MS来说，鱼叉往往无法成功穿透装甲，因此使用鱼雷才是更好的选择。
格斗式兵装也继承了水中型吉姆的光束镐，不过数量也从4把削减至2把并只放置在右侧，这也被认为是光束镐难以使用的应对方法。毕竟光束镐本身就因为有效距离极短而广受诟病，虽说后期型号对其进行了改进，其光束刃的长度也增长至普通光束军刀的70%，这也使得在实战中使用效率大大提高。
▲水中型高达借着水中型吉姆打出的掩护使用光束镐进行近战
但除此之外，水中型高达的其他武装都很适合在水中使用，再加上水中的高机动性，使得水中型高达被长期持续使用。当然总的来说这也和时代背景脱不开关系。
该机作为一款比水中型吉姆性能更加强大的机体，在武装方面至少也和吉翁的水中用MS不相上下。同时作为一款主要发放给王牌使用的机体，往往也会作为小队中的队长机使用。无论是一年战争中还是战争结束后，都能发现一台水中型高达率领两台水中型吉姆组成小队的例子。
▲UC 0096年时部署在达喀尔守卫此地的水中型吉姆和水中型高达
虽然和水中型吉姆没有太大差别，但是考虑到会和吉翁MS发生直接战斗，因此也被积极投入到反潜作战或是警戒巡逻任务中。该机的作战实例并不算多，但是也被确认在北美和吉翁MS展开过战斗。
在UC 0079年12月23日，曾有三艘潜艇搭载着水中型高达进行试航，并打算在途中进行联合演练。原计划是打算从格林兰岛出发，随后抵达北美，接着前往南美抵达贾布罗。漫长的航行中除去正常航海事物外还会定时检查水中型高达状态，也有人吐槽在里面工作时就像洗桑拿一样。
然而在航行到中途却发现前来接应的潜水艇已经被击沉，在残骸中甚至还埋伏着魔蟹。在魔蟹的突袭1号舰很快就被击沉，当另一台魔蟹接近3号舰准备直接击破舰桥时，3号舰突然开启侧面的推进器撞开了魔蟹，随后从底部伸出了一支手持偏向光束步枪的手臂，一击击沉了敌机。这一瞬间也让吉翁MS以为这是联邦开发的MA。
而3号舰的破损也让潜水艇不得不沉底并开始向舱中注水释放其中搭载的水中型高达。而在面对魔蟹的突袭时，水中型高达无疑发挥出了极强的性能，利用全身各处的水压推进装置不仅躲过了第一波的导弹，直接跃出了水面。
在落后水面后更是在近距离的交锋中直接开启侧向推进器再次躲开了魔蟹发射的鱼雷和其铁爪的利刃。随后水中型高达3号机也表现出了超越水中型吉姆的性能，先是用偏向光束步枪直接击坠了魔蟹，随后还用鱼雷击沉了吉翁的潜水艇。
中途3号机还被MAM-07 格拉布罗的爪钳破坏了手持光束步枪的右臂，但好在2号舰也派出了水中型高达2号机前来支援。一击便击破了其中一支爪钳争取了时间。而当格拉布罗再次发起攻击时，联邦军的支援也抵达了这里，用一连串深水炸弹了结了对方。剩下幸存的人员和两台水中型高达也被联邦军舰艇所回收。
▲水中型高达2号机使用偏向光束步枪在水中直接射爆了格拉布罗的一只爪钳
而该机也在战争中被联邦军继续使用，作为宝贵的水中MS部队发挥着自己的作用。还有一些水中型高达则会被部署在贾布罗的防卫部队中，戍卫亚马逊丛林中的丰富的水道。其中在一次防御吉翁的作战中，便展现了水中型高达作为水中型吉姆更加强大的作战能力。
在作战中水中型高达选择先发射鱼雷，虽说在远距离并不指望命中，但至少可以威慑恐吓敌机。而在发射后似乎击坠了敌机而发生了多起爆炸，随后吉翁也发现了迎击机的存在转而开始攻击MS，打算以7台MS的数量优势先料理完这两台联邦MS后再去打击船队。然而之后这台水中型高达似乎也击坠了敌机，并使用手锚抓住敌机后固定住对方，并趁机近身，而对方似乎也被高达脸所吓到而动作迟缓，于是水中型高达抓住击毁使用后期型的光束镐将其捅了个对穿。
之后该机也前去帮助自己的队友，此时这台水中型吉姆正被三台机体围攻。最终在即将被击坠之时，也被水中型高达使用偏向光束步枪的狙击所救。
当然也出现一台水中型高达和两台水中型吉姆组成的小队被一台扎古II改团灭的丢人故事。其中扎古手持着高达头的场面也很难想象这是一台被称为高达的机体。
不过水中部队在战争结束后也愈发的不咋收到重视。毕竟重心也逐渐转移到了宇宙。MS的开发也不再关注水中用MS，于是水中型高达也就这样缝缝补补一直用到了UC 0090年代。
在UC 0096年，当吉翁残党袭击达喀尔时，其中两台杰祖鲁便在达喀尔的水域里和一台水中型高达和两台水中型吉姆发生了交战。
▲水中型高达用手锚抓住杰祖鲁后使用偏向光束步枪向其开火
在一开始的交锋中，两台水中型吉姆射击掩护水中型高达近身，要不是另一台杰祖鲁突然出现掩护队友，不然这台水中型高达就成功在肉搏中干掉了一台杰祖鲁。但是随着的战斗的进行，两台水中型吉姆被杰祖鲁接连击坠，导致水中型高达陷入了一打二的困境。但是哪怕近20年后这台水中型机体的性能依然不弱，在利用手锚抓住敌机后利用大推力牵引限制敌机位置，并利用偏向光束步枪向其射击。可惜对方也不是吃素的，最终在两机合力之下将其击坠。
