船长哈洛克（ハーロック）遥远的未来，人类科技昌明，已经进入可以随心所欲穿梭银河各个角落的时代。与此同时，身处银河边缘的人们为了取得回到地球的居住权而挑起战争。为此，四艘Death Shadow级别的宇宙战列舰被打造出来，投入战场。四号战列舰的舰长名叫哈洛克，他一战成名，成为名垂青史的英雄。然而随着战争落下帷幕，哈洛克的身影也从人们的视线中消失。未过多久，船首刻着巨大骷髅头饰的海盗船“阿尔卡迪亚号”突然现身，而海盗船长竟然就是曾经的英雄哈洛克！此番他以宇宙海盗的身份高举叛旗，对抗联邦政府，成为在全宇宙范围内遭到通缉的头号罪犯。
