BW和BM时期
充满神秘和英雄主义色彩的创世纪之战和波澜壮阔，横跨银河系的内战均已在塞伯坦人的记忆中淡薄了颜色，接下来的BW和BM时代的战争冲突却充满了人文主义和哲学的高深印记。
300万至200万地球年前，昔日的汽车人和霸天虎都已不复存在，它们各自的后裔巨无霸和原始兽达成了和解，继续生活在塞伯坦星上。巨无霸及原始兽委员会行使着塞伯坦星的管理工作，松散的共和制重新回到了塞伯坦大地，但雄伟强盛的黄金时代已如过眼云烟般一去不返。
霸王龙从巨无霸那里偷走了威震天留给霸天虎后裔的金盘，成为全塞伯坦星通缉的逃犯。原始兽委员会为了妥协巨无霸，打算处决掉还在与巨无霸做斗争的通缉犯霸王龙。霸王龙伙同几个志同道合的原始兽驾驶着飞船，准备逃离塞伯坦，其中混有原始兽委员会派出秘密**狼蛛勇士。在漫长的宇宙航行过程中，霸王龙和这群原始兽所驾驶的宇宙飞船遭到了塞伯坦派来追捕霸王龙的猩猩队长的飞船的截击，追击途中飞船上的扭曲穿梭器被触发了，在短暂的瞬间打开了虫洞旅行带来了空间和时间上的改变。与50万地球年前的方舟和暴影号一样，两艘飞船均坠落于太阳系的Energois行星。双方飞船在降落时均已坠毁，失去了返回塞伯坦的能力。经飞船探测器得知该星球表面存在有不稳定能量源，会对机械形态产生影响。原始兽和巨无霸扫描了该星球史前生物的形态，得到了适应不稳定能量源和原始环境的野兽形态，野兽战争（BW时代）正式开始。
正当巨无霸与原始兽在史前的蛮荒星球展开如火如荼的野兽战争时，未知的外星人（后证明是Vok星人）介入了两派间的战争，猩猩队长为了为破坏Vok星人的星球破坏器而牺牲。星球破坏器爆炸后产生了量子流风暴，促使了巨无霸和原始兽的进化，金属变体金刚就此产生，不稳定能量源消失。
了解了Vok星人的阴谋后，交战的两派最终发现Energois行星就是史前时代的地球，同时原始人类已经出现。犀牛勇士利用再生舱技术复活了金属变体猩猩队长。在宇宙空间中游荡的红蜘蛛的不灭火种侵占了黄蜂勇士的机体，仍逃脱不了火种再次游荡的命运。深受原始兽武士精神感召的恐龙勇士认为霸王龙背弃了原始兽尚武高贵的传统，在夺取原始兽领导权的计划失败后转投巨无霸。重新初始化程序变为原始兽的霸天虎战士机器狗带着塞伯坦星原始兽委员会的命令来到史前的地球拘捕通缉犯霸王龙，在金盘中得知威震天保留给原始兽的信息后，决定帮助霸王龙勇士改变历史，最终战死在史前的地球。原始兽的领袖霸王龙根据金盘中的信息，找到了地球上的圣希尔火山，并妄图按照金盘中的信息改变历史，消灭生活在火山峡谷中并将在未来左右霸天虎命运的原始人类，改变未来霸天虎失败的命运。弃暗投明的原始兽恐龙勇士深受武士精神感召，为了保护人类和历史的完整性，以一己之力击败了六名原始兽战士，终因耗尽火种而死，挽救了整个峡谷里的原始人类，摧毁了金盘，并促使原始人类学会了石器的使用，促进了人类的进化。霸王龙借用拥有不灭火种的狂飙的部分火种，结合塞伯坦的克隆技术和Vok星人遗留的飞船中承载的金属变体（TRANS METAL）技术，制造出了完全服从自己的金属变体恐龙勇士。
偶然之中，巨无霸发现了被圣希尔火山掩埋的方舟，原来400万地球年前突然失踪的汽车人和霸天虎们早已来到地球，正处于休眠状态，静静的等待着再次苏醒，继续战争的命运。霸王龙强行进入方舟，妄图造成时空悖论改变历史，并摧毁了处于休眠状态的擎天柱的头部，引起时空聚变，几乎毁灭了整个巨无霸。为了保持与领导模块融合的擎天柱的火种不灭，猩猩队长将领导模块纳入体内，得以进化为金属变体二型猩猩队长。与此同时霸王龙也利用威震天的火种进行融合完成进化为火龙形态霸王龙。
野兽战争决战终于爆发。据记载，霸王龙找到了传说中霸天虎坠落在地球的太空战舰–暴影号，并欲借助暴影号的反物质炮来摧毁方舟，改写历史。在最终恢复神智后的金属变体恐龙勇士的帮助下，猩猩队长最终战胜了霸王龙，而金属变体恐龙勇士也为此献出了生命。连同仅存的巨无霸，猩猩队长押解着通缉犯霸王龙展开了从地球返回塞伯坦的漫长奥德赛之旅，而野兽战争画上了一个完满的句号。
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