侦查系列
MS-06E 强行侦察型扎古Ⅱ原本是以MS-06C型为基础而开发的侦察机，但由于生产时主力MS已由C型改为F型，因此E型主要是在F型的生产线上生产的。由于大幅度削减了不必要的装备，使E型的燃料搭载最大限度增加了10%；另外还采用了新型的发动机，使机体的推力大幅度上升。由MS-06E型还衍生出专门从事对联邦军设施进行侦察的MS-06E-3型，其头部采用了三合一摄像机，背部装备了新开发的可折式复合探知设备，总计生产了16架。
MS-06E 强行侦察型扎古Ⅱ
MS-06E-3
指挥官系列
与MS-05B一样，MS-06F也有专门为指挥官设计的机体，而且有MS-06FS和MS-06S两种。
MS-06FS是对F型进行简单地改修后得到的机体，但数量非常少，卡尔玛·扎比曾经驾驶过本型机，具得到的资料此机多用于典礼庆典用，所以也称“庆典用扎古”（参见我们是联邦愚连队）MS-06S是专门为中队指挥官以上的王牌制造的机体。在技术改进方面，主要提高了推进器的燃烧效率、制御系统的控制效率以及通信系统等。燃烧效率的提高不仅使机体的推力较普通的F型上升了30%，而且也提高了燃料的装载量。本型生产了100架左右，最为有名的驾驶员当属“赤色彗星”夏亚·阿兹纳布。
MS-06FS
MS-06S
培训系列MS-06FS
MS-06S
MS-06T 训练用扎古Ⅱ是为了培养MS驾驶员而主要由MS-06C型改造而来的机体。由于南极条约缔结后，MS-06C已不能正式使用，因此吉翁军将大部分的C型改修成F型，剩下的少部分则改成了T型。本型的主要改造之处在于增设了指导教官的驾驶舱。大战中期以来，为了弥补MS数量的不足，也有将部分T型改造成战斗用MS送上战场的。
MS-06T 训练用扎古Ⅱ
海战系列MS-06T 训练用扎古Ⅱ
MS-06M是根据UC0075年12月起动的《水中用途MS开发整备计划》而在MS-06的基础上改进的历史上第一台水中战用MS。
由于地球70%以上的面积是水，这使水陆两用型MS有广大的活动空间。设计者在MS-06F型的基础上进行了改进，其中包括在机体外部加上防水护罩，背部的背包换成了喷水引擎以及加上了辅助推进器。然而在F型上的改进有一定难度，很难完全符合吉翁军方的作战要求，由于这种型号的MS效能不佳，以Zaku II为基础的水陆两用MS开发计划终止。
MS-06M在北大西洋的潜艇实验部队使用过，用来获得制造水陆两用型MS所需的资料数据，而MS-06M也很好的完成了这个任务。最后它还有另一编号，就是MSM-01。这型的MS总共生产了7台，在实验完后全部封存，后在地中海登陆作战的时候，由于MS的数量不足，这7台MS全部被派上了战场，但并没有获得很重大的战果，而且有两到三架在战争中消失。
MS-06M分为M-1型和M-2型。一年战争后，联邦军的水陆两用型MS——RMS-192就是在MS-06M-1的基础上改进而来的。MS-06M-2是一个性能较高的作品，对机体做了较大的改进，以“能在400米的水深下活动”为开发目的。M-2的头部有大型的防水的头饰，各关节有防水护罩，经过修改后的MS-06M-2型拥有了超过M-1型的耐压性能，各项性能有一定提升。
MS-06M
MS-06M
