CE·71年9月27日，随着最高评议会议长帕特里克·萨拉的身亡，从软禁的状态下脱身的艾琳·卡纳巴为首的克莱茵派，以武装正攵变的形式将萨拉派（当时魁首帕特里克已死，“铁娘子”艾扎莉娅·焦尔成了实质上的领导者，因此主要就是捉拿她本人）迅速拘禁，并以停战为目的与地球联合进行接触。
这时，地球联合军的实质领导者穆·达·阿兹拉艾尔，与支持其的军武派萨扎兰特上校皆已战死。联合面临着群龙无首、指挥系统混乱的尴尬局面，虽然还有后续战力（性能凌驾强袭短剑的短剑L已上线）已集结完毕并从地球出发赶往雅金·杜维。
但由于指挥系统瘫痪了，加上联合惧怕继续增兵会激怒ZAFT军，以毁灭性武器来报复（创世纪已经深深震慑了地球联合）实际上业已失去了斗志。在这种情况下，以艾琳·卡纳巴为首的PLANT临时评议会振臂一呼，联合军自然求之不得，乐得借坡下驴（“是PLANT主动乞和”，如此对国内舆论也有了交代2333）。
“雅金杜维”的自爆以及“创世纪”的崩坏，标志着第一次大战（第二次雅金杜维攻防战）的终结，地球联合与PLANT在实质上是停战了（当然各地的小规模冲突、代理人之间的小打小闹依然不断，但再也没有爆发大规模的战斗）。
5个多月后，地球联合与PLANT临时评议会在“尤尼乌斯七号”的遗迹上空缔结了停战条约。这块残破的大地可谓是第一次大战的导火索。正是“血染情人节”的发生，导致两军冲突的正式升级，最终发展成了全面战争。
由于是在尤尼乌斯七号之上进行的停战媾和，因此史称“尤尼乌斯条约”（Treaty Junius）。
尤尼乌斯条约中明文规定，地球联合、ZAFT两军不得列装数量超过条约限制的MS。由于上一次大战的白热化而大规模扩军的双方，不管乐不乐意都不得不大幅裁军。
这项条款主要是为了避免战争的漩涡无止境地扩大，从削减军备这一途径令双方都没有能力再掀起新的、大规模战端，等于是对联合、ZAFT双向的军事制约——不过在这里，我们有理由相信地球联合玩了一把PLANT。
条约对MS、战舰、MA保有数量的限定，是依据双方各自的国力来的计算（由人口、GDP、失业率等种种数据计算而来）。根据条约，国力较强的地球联合理应保有相对数量更多的MS，而国力较逊的PLANT就吃了哑巴亏。
条约中对PLANT不利的第二点，是必须放弃地球上的占领地，也就是除了卡潘塔利亚、直布罗陀以外的据点。这一项，将ZAFT地面版图一下子打回到了开战以前（不过由于大战后期联合的反工攵，ZAFT的地盘也已缩水不少了）。
条约中对PLANT不利的第三点，就是禁止将NJC（中子干扰消除器）、幻象化粒子等技术运用于军事领域。
前次大战中，ZGMF-X系列由于表现出色，ZAFT高层在大战末期已经决定对次时代核动力MS进行量产了。这一设想的具体实物，就是在历史长河中留下过短暂一笔的ZGMF-X999A试作型扎古勇士（我个人是比较喜欢“渣古”这个译名，但为求与UC相区分，所以种系选择用“扎古”）。
试作型扎古勇士与后来再设计的标准量产型扎古勇士在结构上几乎是完全相同的。两者间最大的不同点，是试作型扎古勇士（在量产MS中）首度将核能引擎作为了动力源。
这是一个非常了不起的举措，一举解决了量产型MS在能量上的限制，使得量产型MS也能像ZGMF-X试作系列那样，近乎无限制地使用高耗能武装。
以核动力为依托，试作型扎古勇士搭载了复数的高威力武器，并且采用了PS装甲作为装甲素材。很有意思的是，ZAFT技术人员在为这台MS设计武装时，采用的并不是当时流行的光束步枪和光束军刀，而是相对而言较为传统的超高速电磁炮和高周波实体战斧。
早在大战中期，地球联合完成了量产型短剑系列的开发后，其中的佼佼者GAT-01A1短剑（又称105短剑，由于高机体性能、低生产性的缘故，错失了大规模量产的机会），就开始带头采用了以融除胶制成的积层装甲，作为重要部位的装甲材质。
这是一种针对光束的特殊装甲，主要以吸收、扩散热量来减轻来自光束的杀伤力，在MS用光束兵器开始普及的当时，是具有极高防御价值的。
光束兵器的价值受到了挑战。考虑到未来的战争，光束兵器的局限性可能会越来越大（在阳电子反射器、小型光束盾出现后，确实已经大打折扣了），并且对舰作战方面的重视（地球联合部分高层崇尚大舰巨炮主义，也促使了后来大型MA的崛起）令ZAFT技术人员决定为试作型扎古勇士搭载更实用、威力也不俗的大口径电磁炮。
电磁炮相比起光束兵器来，一大优势是对积层装甲的高穿透力。极高的破坏力再加上能够连续射击，这在对抗重装甲MS或是战舰的战斗中，极为关键；其次，由于其耗能相较于光束来的低，因此产生的热量也相对较低，对既有的散热系统不会造成太大的负担，也就间接增强了机体的续航能力。
因此比起对MS战，试作型扎古勇士搭载的超高速电磁炮更适合进行对舰的战斗（什么，对MS？不是有高周波战斧吗23333）。
试作型扎古勇士的开发，集合了当时众多统合设计局旗下、凡尔纳设计局的菁英（凡尔纳的研究领域是战舰，最知名的作品是流星号），以其极高的专业技术水准，在核能引擎这部分的完成度上还是相当之高的。
其中，担任其测试驾驶员的，是隶属于凡尔纳的民间人士寇特尼·歇洛尼姆斯。此人颇富传奇色彩，尤其驾驶天赋极高，机械相关知识丰富，并且还具备卓越的空间识别能力（这点让他成为了混沌高达原型机的测试飞行员），因此只要有军方的委托就会摇身一变成为测试驾驶员（临时加入军籍，平时还是平民身份）。
在尤尼乌斯条约缔结之前，试作型扎古勇士已经开始了生产。一直到条约生效为止，这个系列被迫取消了量产计划，一共完成的47台绝大部分都遭到了解体废弃处理（小部分的存在性保留在联合军“幻痛”部队的记录中）。
核引擎搭载型MS量产化的愿望无法达成后，认清形势的统合设计局决定根据条约的要求，开发满足新时代要求的新型MS。
新千禧年系列
在第一次大战结束以后，为对应尤尼乌斯条约的缔结，ZAFT军急需为部队列装新一代符合条约限制的高性能量产型MS。当时，设计局拿出了三套机种方案来供选择，而军方则进行了三大机种的竞标。优胜劣汰，综合性能均优于其余两种机体的扎古战士获得了最后的胜利（其它分别是大魔骑兵原型机和老虎烈焰原型机）。
作为新千禧年的第一期MS，扎古系列相比起过去的金恩，更接近地球联合军的短剑L和温达姆，可以通过搭载多功能扩展武装背包“巫师”（Wizard），来对应不同的战斗环境。这种设计被认为可行，并且被次期的脉冲高达所继承并发扬光大。
身为ZAFT极其看重的次时代新千禧系列的第一弹，扎古勇士的基本性能理论上已经超越了前次大战中成为传说的GAT-X系列（事实上实战中也表现出了力压GAT-X的实力，就算是有新规的凤装+黄大河开光加持的强袭红换色版，也是猛虎难敌群狼）。
不过，在前次大战后期ZAFT军已经正式推出了次期主力MS，也就是ZGMF-600盖茨。虽然在当时属于大热门，被开发当局自信满满夸耀为“能带领调整者消灭自然人”的新锐量产MS。
不过事实上由于大决战的提前爆发，而面对定位不明确（一开始是以高阶指挥官机来生产配发的）、主武器临时调整、操纵不已等问题的盖茨，尚未来得及发挥作用（只赶上了波阿兹、雅金·杜维两场战役，只混了个脸熟），大战就终结了，盖茨也尴尬地成了ZAFT官兵眼中“最熟悉的陌生人”。
战后出现的改良版盖茨R
在战后，随着尤尼乌斯条约的生效，盖茨这种处境尴尬的机体，虽然在经过近代修改之后持续在生产列装，不过相比之于联合的短剑L、温达姆来说，不难看其在威力与灵活性上有所欠缺。
而在Break the world事件中，未能阻止尤尼乌斯7号残骸陨落地球、且在与叛军的高机动型金恩Ⅱ交战中几乎全军覆没的“战绩”，则犹如一记重锤把盖茨彻底击入了无尽深渊（当然这是后话了）。
考虑到前次大战中，有过例如第三次维多利亚战役这样由于MS性能全面落后导致的败仗，在强化现有机种的同时，尽快推出一款真正顺应时代需求的MS，才是当务之急。
扎古系列的出现，可以说是ZAFT不甘被动于条约限制所做的努力。通过设计各式各样通途的“巫师”背包来达到单机就能对应炮战、格斗等战况，能够具备与特装机相同或以上的性能，不但为军方省下了一笔不小的开支，也为不违反“MS保有数量”规定做出了贡献。
扎古系列在设计之初，为拥有足以对抗联合军的短剑L等高性能机种，军方要求的综合性能至少是前次大战GAT-X试作机同等或以上的水准，实际呈现出来的战斗力也与短剑L、甚至是与性能更高的温达姆相抗衡也不遑多让。而在普通的扎古勇士系列之上，另外还有一款高阶指挥官用的型号，那就是数量较少的ZGMF-1001扎古幻影。
与面向普通士兵的扎古勇士不同，扎古幻影可以称得上是一款专为指挥官、王牌驾驶员设计的旗舰机。作为一款在友军中处于更高阶地位的机体，幻影相较之勇士来更重视通讯方面的能力，头部加装的刀形天线能够为机体提供更好的控制、通讯、计算、情报、监视能力。另外，幻影取消了右肩的C字形撞钉，复制了一具和左侧一模一样的肩盾。因此相比之下，幻影可以多携带两具备用弹匣，提升了机体的持续作战能力。
可以这么说，扎古幻影相当于扎古勇士的加强版，由于驾驶的多为战技高超的指挥官/王牌驾驶员，幻影个人识别涂装的异色版也比勇士来的更多，因此很难看到有军绿色版幻影——或者说，幻影真正的出场配色到底是哪一种很值得推敲。
SHOULEDR SHIELD/肩盾
MMI-M633 BEAM ASSAULT RIFLE/光束突击步枪
前次大战中，联合制GAT-X系列能够全面超越ZAFT制MS，小型化光束兵器和PS装甲的实用化功不可没。因此，配备一款强力的小型化光束兵器，是扎古系列基本性能赶超联合制GAT-X五子的必要条件。
ZAFT制小型化光束兵器最早可以追溯到由马蒂乌斯军工推出的MA-M21G型光束步枪。由于是参考了GAT-X系列的技术，因此早期的ZAFT制光束步枪是依靠直接连接机体动力源（超小型能源电池）供能——也就是说，动力源的出力将直接影响了光束步枪的威力（因此盖茨的光束步枪的威力无比接近GAT-X五子，但毕竟威力是无法和核动力的ZGMF-X系列相比的了）。
而同样是前次大战时期，地球联合中综合实力仅次于大西洋联邦的欧亚联邦为了争夺联合一哥的宝座，决心以开发MS来谋取联合阵营里更多的发言权。
不管欧亚联邦的动机如何，就好像大西洋联邦连携曙光社开发GAT-X系列，欧亚联邦选择与同样是大型军工企业的阿克泰昂社合作，完成的CAT1-X亥伯龙系列可谓是光束步枪供能电池独立化的先驱——这是因为亥伯龙所配备的光束冲锋枪采用了弹匣式设计，每具弹匣内置若干小型能源电池，用完即弃（亥伯龙射击时枪身会有排弹壳的现象，实际上排出的就是耗尽的空电池）。
大战之后，ZAFT的新千禧年系列就很“巧合”地开发出了类似于亥伯龙系列的技术。有鉴于阿克泰昂社的节操一向是努力向UC时代的某巨型复合军事产业看齐，在前次大战期间一度为联合、ZAFT双方提供军火，因此即便说是阿克泰昂将亥伯龙系列的技术泄露给了ZAFT，也是情理之中的事（X计划愚蠢地启动愚蠢地雪藏，相关技术如果就此打入十八层地狱也太过可惜）。
扯远了，运用独立供能电池化弹匣技术的光束突击步枪，不像大多数MS用光束兵器那样从MS主电池汲取电力，通过独立的弹匣电池直接为武器供给能量。这么做的目的是既不用对MS主电池造成负担，影响机体的续航能力，同时也可以一定程度上提高武器的射击速度，增强机体的相同时间里的火力输出，来达到单机战力加强的效果。
另外，独立式弹匣电池的属性也让MS可以随身携带多个备用品，以供在高消耗的战斗过程中随时进行补给（一般来说悬挂在盾牌内侧，一具盾牌可以携带两枚弹匣）。当非射击战斗时，小巧的枪身通过折叠可以悬挂在后腰装甲上。
M68“500MM RECOILLESS RIFLE/猫式
瞬发型辅助背包
作为扎古系列最多配备的三大巫师背包之一，瞬发型背包主要由高机动推进荚舱、小型飞弹发射巢组成。相比起其它两款背包来，瞬发型的结构相对简单，不过作为一款提升MS机动性的辅助组件，瞬发型背包的高输出推进喷口竟有15个之多！凭借压倒性的推进力，无论是宇宙、地球都能发挥出极高的机动性。
瞬发型辅助背包以主推进器为核心，在两侧设置一对高输出推进荚舱。而在荚舱前端则设置了“火蜂”型飞弹发射巢，每个发射巢内置14枚诱导飞弹。多用于扫除障碍、压制复数小型目标，在面对多数敌机时也能起到牵制作用，14枚飞弹齐射的景象相当壮观，借此打乱敌阵后再逐个击破的战术，非常有效。
（其余还有MS战能力几及老虎烈焰型的地狱犬型辅助背包、需要机体大改造的萤火虫式强袭登陆辅助背包、战域通讯指挥统制型辅助背包，这里就不一一赘述了）
凭借如此之多的辅助装备，军方高层对扎古系列优异的性能感到了满足。不过由于换装系统的诞生，提供完整设备的设施据点也就必不可缺了。也就是说，扎古的换装必须在出击之前视情况选择，无法临场更换其它装备。检讨于扎古系列上的开发人员在之后的ZGMF-X56S脉冲高达的设计中，完成了更为先进、即便身处最前线也可以做系统换装的“外挂型装备系统”。当然，这是另一个篇章了。
