1、2、4这三个问题都是由于玩具设定与动画设定之间的不统一造成的。
这个得说一下变形金刚的背景，变形金刚的一切都源于日本TAKARA公司的DIACLONE、微星等系列玩具的热销，被美国孩之宝看中并着力重新打造，推出了“变形金刚”这个系列玩具，并在之后相对应制作了动画来支撑玩具的推广销售。
而在把玩具重新设定的过程中，日本的玩具设计团队、动画人物设定团队跟美国的销售团队、动画制作团队是分工的，而在当时信息并不发达，日本、美国双方沟通不足。很多设定都因此出现了歧义。
【1.】7楼的正解。美国动画制作方将日本发过去的人物设定弄混了。而玩具发行则还是按照日本方的原设定推出了。到后来由于动画作为最主流的推广媒体，影响力大，之后再发行的玩具又重新按照动画里的去改过来了。
【2.】其实通天晓的玩具是从Diaclone里搬过来的，原来在Diaclone的设定是Powered Convoy（战斗擎天柱），就是玩具擎天柱的升级版，是擎天柱换了个战斗型车厢，并且能变成提升机器人形态力量的马甲。而因为Diaclone跟TF是两个完全不同的世界观，Diclone里的那种能量升级搬过来TF完全说不通，所以最初TF并没有引进这个玩具的，但到后期第三季要推出时，确实需要有一个这么样的重要的汽车人，而玩具设计的时间又很有限，加上这个玩具模具又很出色，所以又把它引进来了，但因为情节里不可能设定为擎天柱的升级什么的，只能设定为另外一个人物出现，那么马甲这么已设定肯定不成立，只能定位独立的变形，车头与擎天柱的关系这一层只能忽略了。不过由于后来很多观众对两者的微妙关系提出疑问，于是在后期欧洲的某版漫画里就出现了脱甲状态的通天晓，以伸延这个玩具的意义，但后来又发现这个设定很难在原设定里支撑下去，之后又没有下文了。
【4.】个人认为这个也是由于美、日双方制作人的沟通不足而留下的问题。动画制作方在人物设定要求上向日方提出了要给汽车人定一个“副官”，于是日方把爵士这个玩具设定作“副官”并制作了插图、玩具包装等，提供给美方了。但当玩具发行后，动作制作方在制作了前期的一小部分动画后，觉得爵士这个人物的设定不够魄力，完全扛不起“副官”这一位置（因为动画播出后发现擎天柱这个领袖的形象勾画实在太成功了，形象太高大了，如何定一个能及其项背的人的形象确是难题），于是到后来就把“副官”这一概念渐渐淡化了。
个人之所以有这样的看法，出于在一些有关G1历史的制作人访谈资料里，对于第二代领袖惊破天和热破的设定中，制作人就说出了当时美、日双方制作人沟通不足的问题。据说当时日本方收到人物设定要求时，只以为这两个要设定的人物只是博派的普通战士和狂派的要塞参谋（所以推出的玩具，热破的头衔是“骑士”，惊破天的头衔是“要塞参谋”），而不是首领，所以玩具与人物设定都欠缺了领袖的魄力和魅力，而不如前一代了。【其实本人觉得这除了沟通不足，这说法也是官方对于第二代领袖的人设和玩具多被诟病，反馈为失败之作的自圆其说】
【3.】在G1的设定上，确实博派的主要成员，除了个别能变形为飞行机器的（天火、滑翔机、宇宙飞碟，后来的飞行太保等）其他成员都是不能飞行的。【见于交代背景的前传，能够在机器人形态下飞行的，是在后来出现在军用机器人（即后来的狂派）中的进化军用机器人，民用机器人（即后来的博派）并没有具备这种能力。（也交代了威震天正是这种先进的机器人中的第一个）】即是说，博派在机器人形态下都是不能飞行的，只有具备变形飞行机器能力的博派，在飞行机器形态下可以飞行。起码在地球中（受重力作用下）是这样，在后期第三季比较多的宇宙场景中可能不同。所以博派在机器人形态下只有装备了飞行器才能飞行。而有些片段中出现的类似飞行的画面，应该理解为跳跃（只是跳得比较高而远而已）。因为大多数变形金刚的脚底等部位都有喷气口，可以作用于跳跃的增力或降落的缓冲，作一定的滑翔状态，而不是飞行。
回答有点冗长，希望引出更多讨论交流~~ G1是永远的爱~~
